In età tardo-antica le abitazioni si sovrapposero anche negli edifici pubblici ormai in disuso. Una casa si addossò dall'esterno,al portico dell'edificio scenico e una piccola abitazione, da cui proviene una particolare suppellettile domestica, tra cui una griglia in ferro battuto e un prezioso piatto di vetro con decorazione incisa, fu allestita nel portico centrale dell'agorà. L'incursione dei vandali del 440 e i conflitti degli anni successivi causarono, con molto probabilità la loro distruzione. Della successiva epoca bizantina ( VI-X sec,) il periodo finora meno documentato della storia dell'insediamento-non si conosce nessuna testimonianza architettonica, anche se una serie di oggetti provenienti dallo scavo, anzitutto monili e fibbie di cinture, comprova  la presenza romana del sito anche in quei secoli. Sono state, inoltre, rinvenute alcune rare monete emesse da imperatori di Bisanzio ( Leone III, Leone IV e Costantino V) che sottolineano l'appartenenza dell'insediamento di Monte Iato, come di tutta la Sicilia, all'impero di oriente. Nel 827 la conquista araba della Sicilia mise fine al dominio bizantino. La Sicilia passò alle dipendenze del califfato fatimida con sede al Cairo, con la conseguente emigrazione di popolazioni di origine nord africana anche al Monte Iato. Numerosi gettoni di vetro e monete con i nomi di vari califfi del secolo XI si sono rivenuti; mancano invece del tutto i resti monumentali; e probabile che il centro abitato sia da collocare più a ovest, in una zona dell'altopiano non ancora indagata.

 Quando nel 1061 i normanni conquistarono la sicilia, il Monte iato era abitato sopratutto da popolazioni arabe. Nel 1079 gli abitanti di Iato rifiutarono di pagare il tributo e di prestare servizi ribellandosi al conte Ruggero che solo a fatica riuscì a sottometterle. L'accesso protetto alla città sul fianco nord-est del monte detto oggi “ scala di ferro” è menzionato dallo storico di corte Malaterra, è tuttora praticabile. Il geografo arabo Al Idrisi menzionava ai tempi di Ruggero II, il castello di Giato, non ancora scoperto, con una prigione sotterranea a recludere nemici del re. Del periodo normanno si conoscono alcuni resti di case e numerose ceramiche; non mancano, inoltre, gli oggetti di bronzo di buona qualità, tra cui sono frequenti componenti di finimenti per cavalli. Il cavallo, infatti, doveva essere un simbolo sociale preminente in una società radicata almeno parzialmente della tradizione araba. Dal mondo bizantino di oriente è , invece, importata una croce con l'effigie della Madonna e lettere greche. Nel secolo XIII discordie religiose provocarono un'ultima insurrezione degli arabi isolani con Federico II di Svevia, imperatore cristiano e re di Sicilia.

Giato diventò teatro dell'ultima rivolta musulmana in Sicilia, capeggiata inizialmente da Mohammed  Ibn'Abbad. L'importanza del sito nelle ribellione è sottolineata dalla presenza di Federico II durante l'assedio della città, seppur non ininterrotta, negli anni 1222-1224. Con lo stato di assedio è probabilmente da mettere in relazione la presenza di sepolture in prossimità dell'abitato medievale. Ribellatasi di nuovo nel 1243 la città venne infine presa per fame nel 1246 e rasa a suolo. Il periodo svevo è quello meglio attestato. Nella zona del teatro e dell'agorà l'abitato era molto denso, ma si estendeva anche su gran parte delle superfici finora scavate. Le case medievali note finora risalgono quasi tutte agli ultimi decenni di vita, quando Giato era diventata l'ultimo rifugio dei musulmani. Erette frettolosamente con pietre prelevate da muri antichi, sono spesso piuttosto mal costruite.