Poche e labili tracce rimangono del primo insediamento indigeno insediatiosi sul Monte Iato durante l'Età del Bronzo Finale/Prima Età del ferro (IX-VIII sec. a.C.): le fondanzioni dei successivi edifici, poggiate direttamente sulla roccia, in molti casi appositamente levigata, hanno infatti distrutto i livelli e le strutture dei periodi precedenti. Soltanto scarni resti di abitazioni nell'area del Tempio di Afrodite e nel quartiere occidentale della città ellenistica documentano quella primafase di vita: doveva dunque trattarsi di semplici capanne costruite in pietra e terra cruda e caratterizzate da ambienti polifunzionali dove si svolgeva tutte le attività della vita quotidiana. La documentazione si accresce per i secoli VII VI a.C., pur mantenendo un carattere di frammentarietà che non permette considerazioni di carattere generale.

Tuttavia, mentre le attestazioni di abitazioni protostoriche sembrano concentrarsi in un'area ben definita del monte, nel cosidetto quartiere occidentale, le case di età arcaica (VII-VI sec.a.C.) si estendevano più o meno sulla stessa ampia superficie occupata successivamente dalle lussuose dimore ellenistiche: si trattava, probabilmente, di nuclei di abitazioni sparsi sul monte, privi di collegamenti stradali che li mettessero in comunicazione tra loro. La costruzione più antica finora riportata alla luce è quella sottostante la casa a peristilio E 2, nel quartiere orientale: l'abitazione sembra composta da due vani comunicanti tra loro e si distingue anche per la tecnica di costruzione, a lastre piuttosto piccole e muratura non molto regolare.

Tipica è la conformazione curvilinea dell'angolo del vano meridionale che trova un confronto preciso a Monte maranfusa. Almeno altre due case coeve, simili per tecnica muraria, sono state rinvenute nella stessa zona ma, purtroppo, di esse non è stato possibile accertare nè l'estensione nè la planimetria.

Più consistente è la documentazione per l'area centrale dell'insediamento, più tardi occupata dell'agora: al di sotto del lastricato della più recente piazza pubblica, nella zona meridionale, sono stati scoperto i resti di almeno cinque abitazioni databili a partore dagli inizi del VI sec.a.C., di cui, tuttavia, non è stato possibile definire la planimetria. Le case mostrano una tecnica muraria abbastanza accurata e gli incroci dei muri formano angoli precisi. Si tratta, per lo più, di case ad unico ambiente, caratterizzate da pavimenti in terra battuta e focolari costituiti da piastre d'argilla circolari, che non hanno sempre un orientamento comune e che non sembrano far parte di spazi comuni organizzati.

Anche nel quartiere occidentale sono state tinvenute tracce di abitazioni databili alla prima metà del VI sec. a.c., antecedenti, quindi, all'edificazione della ricca e complessa casa di età tardo-arcaica che documenta, a partire da quell'epoca, profonde trasformazioni innescate dall'incontro con il mondo greco delle colonie.